ProAl: Мощен софтуер за прогнозиране на структурата на протеина

ProAl е софтуер за прогнозиране на протеинова структура, който използва комбинация от алгоритми за машинно обучение и инструменти за структурна биоинформатика, за да предскаже триизмерната структура на протеините от тяхната аминокиселинна последователност. Той е разработен от Калифорнийския университет в Сан Диего и се използва широко в областта на предсказването на протеиновата структура.

ProAl използва двуетапен подход за предсказване на протеиновата структура. В първия етап той използва алгоритъм за машинно обучение, наречен "базиран на профил", за да предскаже вторичната структура (т.е. локалното подреждане на аминокиселините) на протеина. Във втория етап той използва различен алгоритъм за машинно обучение, наречен „базиран на шаблон“, за да предвиди третичната структура (т.е. цялостната 3D форма) на протеина въз основа на прогнозираната вторична структура.

ProAl може да се използва за прогнозиране на структурите на както разтворими, така и мембранни протеини и се прилага към широк спектър от протеинови системи, включително ензими, рецептори и вирусни протеини. Това е полезен инструмент за изследователи, изучаващи функцията и динамиката на протеини, както и за откриване и разработване на лекарства.