ProAl: Výkonný software pro predikci struktury proteinu

ProAl je software pro predikci struktury proteinů, který využívá kombinaci algoritmů strojového učení a nástrojů strukturální bioinformatiky k predikci trojrozměrné struktury proteinů z jejich aminokyselinové sekvence. Byl vyvinut Kalifornskou univerzitou v San Diegu a je široce používán v oblasti predikce struktury proteinů.

ProAl používá dvoustupňový přístup k predikci struktury proteinů. V první fázi používá algoritmus strojového učení nazvaný "profile-based" k predikci sekundární struktury (tj. lokálního uspořádání aminokyselin) proteinu. Ve druhé fázi používá jiný algoritmus strojového učení nazývaný „template-based“ k predikci terciární struktury (tj. celkového 3D tvaru) proteinu na základě předpokládané sekundární struktury. rozpustné i membránové proteiny a byl aplikován na širokou škálu proteinových systémů, včetně enzymů, receptorů a virových proteinů. Je to užitečný nástroj pro výzkumníky studující funkci a dynamiku proteinů, stejně jako pro objevování a vývoj léků.