ProAl: En kraftfuld software til forudsigelse af proteinstrukturer

ProAl er en software til forudsigelse af proteinstruktur, der bruger en kombination af maskinl
ringsalgoritmer og strukturelle bioinformatiske v
rktøjer til at forudsige den tredimensionelle struktur af proteiner ud fra deres aminosyresekvens. Det blev udviklet af University of California, San Diego og er meget udbredt inden for forudsigelse af proteinstruktur.

ProAl bruger en to-trins tilgang til forudsigelse af proteinstruktur. I den første fase bruger den en maskinl
ringsalgoritme kaldet "profilbaseret" til at forudsige den sekund
re struktur (dvs. de lokale arrangementer af aminosyrer) af proteinet. I anden fase bruger den en anden maskinl
ringsalgoritme kaldet "skabelonbaseret" til at forudsige den terti
re struktur (dvs. den overordnede 3D-form) af proteinet baseret på den forudsagte sekund
re struktur.

ProAl kan bruges til at forudsige strukturerne af både opløselige og membranproteiner, og det er blevet anvendt på en lang r
kke proteinsystemer, herunder enzymer, receptorer og virale proteiner. Det er et nyttigt v
rktøj for forskere, der studerer proteinfunktion og dynamik, såvel som til opdagelse og udvikling af l
gemidler.