ProAl: Ένα ισχυρό λογισμικό πρόβλεψης πρωτεϊνικής δομής

Το ProAl είναι ένα λογισμικό πρόβλεψης δομής πρωτεΐνης που χρησιμοποιεί έναν συνδυασμό αλγορίθμων μηχανικής μάθησης και δομικών εργαλείων βιοπληροφορικής για να προβλέψει την τρισδιάστατη δομή των πρωτεϊνών από την αλληλουχία αμινοξέων τους. Αναπτύχθηκε από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια στο Σαν Ντιέγκο και χρησιμοποιείται ευρέως στον τομέα της πρόβλεψης πρωτεϊνικής δομής. Το

ProAl χρησιμοποιεί μια προσέγγιση δύο σταδίων για την πρόβλεψη της δομής της πρωτεΐνης. Στο πρώτο στάδιο, χρησιμοποιεί έναν αλγόριθμο μηχανικής μάθησης που ονομάζεται «βασισμένο στο προφίλ» για να προβλέψει τη δευτερεύουσα δομή (δηλαδή, τις τοπικές διατάξεις των αμινοξέων) της πρωτεΐνης. Στο δεύτερο στάδιο, χρησιμοποιεί έναν διαφορετικό αλγόριθμο μηχανικής μάθησης που ονομάζεται "βασισμένο σε πρότυπα" για να προβλέψει την τριτοταγή δομή (δηλαδή, το συνολικό τρισδιάστατο σχήμα) της πρωτεΐνης με βάση την προβλεπόμενη δευτερεύουσα δομή. Το

ProAl μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την πρόβλεψη των δομών του τόσο διαλυτές όσο και μεμβρανικές πρωτεΐνες, και έχει εφαρμοστεί σε ένα ευρύ φάσμα πρωτεϊνικών συστημάτων, συμπεριλαμβανομένων των ενζύμων, των υποδοχέων και των ιικών πρωτεϊνών. Είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για ερευνητές που μελετούν τη λειτουργία και τη δυναμική των πρωτεϊνών, καθώς και για την ανακάλυψη και ανάπτυξη φαρμάκων.