ProAl : un puissant logiciel de prédiction de la structure des protéines

ProAl est un logiciel de prédiction de la structure des protéines qui utilise une combinaison d'algorithmes d'apprentissage automatique et d'outils de bioinformatique structurelle pour prédire la structure tridimensionnelle des protéines à partir de leur séquence d'acides aminés. Il a été développé par l'Université de Californie à San Diego et est largement utilisé dans le domaine de la prédiction de la structure des protéines.

ProAl utilise une approche en deux étapes pour la prédiction de la structure des protéines. Dans un premier temps, il utilise un algorithme d’apprentissage automatique appelé « basé sur le profil » pour prédire la structure secondaire (c’est-à-dire les arrangements locaux des acides aminés) de la protéine. Dans la deuxième étape, il utilise un algorithme d'apprentissage automatique différent appelé « basé sur un modèle » pour prédire la structure tertiaire (c'est-à-dire la forme 3D globale) de la protéine sur la base de la structure secondaire prédite.

ProAl peut être utilisé pour prédire les structures de à la fois solubles et membranaires, et elle a été appliquée à un large éventail de systèmes protéiques, notamment les enzymes, les récepteurs et les protéines virales. Il s'agit d'un outil utile pour les chercheurs qui étudient la fonction et la dynamique des protéines, ainsi que pour la découverte et le développement de médicaments.