ProAl: Erőteljes fehérjeszerkezet-előrejelző szoftver

A ProAl egy fehérjeszerkezet-előrejelző szoftver, amely gépi tanulási algoritmusok és strukturális bioinformatikai eszközök kombinációját használja a fehérjék háromdimenziós szerkezetének előrejelzésére aminosavszekvenciájuk alapján. A Kaliforniai Egyetem (San Diego) fejlesztette ki, és széles körben használják a fehérjeszerkezet előrejelzésében. A ProAl kétlépcsős megközelítést alkalmaz a fehérjeszerkezet előrejelzésére. Az első szakaszban egy "profil alapú" nevű gépi tanulási algoritmust használ a fehérje másodlagos szerkezetének (vagyis az aminosavak lokális elrendezésének) előrejelzésére. A második szakaszban egy másik gépi tanulási algoritmust használ, amelyet "sablon-alapúnak" neveznek a fehérje harmadlagos szerkezetének (vagyis a teljes 3D alakjának) előrejelzésére a megjósolt másodlagos szerkezet alapján. A ProAl felhasználható a fehérje struktúráinak előrejelzésére. oldható és membránfehérjék is, és számos fehérjerendszerben alkalmazták, beleértve az enzimeket, receptorokat és vírusfehérjéket. Hasznos eszköz a fehérjék működését és dinamikáját tanulmányozó kutatók számára, valamint gyógyszerkutatáshoz és -fejlesztéshez.