ProAl: En kraftig programvare for prediksjon av proteinstrukturer

ProAl er en programvare for prediksjon av proteinstruktur som bruker en kombinasjon av maskinl
ringsalgoritmer og strukturelle bioinformatikkverktøy for å forutsi den tredimensjonale strukturen til proteiner fra deres aminosyresekvens. Den ble utviklet av University of California, San Diego og er mye brukt innen prediksjon av proteinstruktur.

ProAl bruker en to-trinns tiln
rming til prediksjon av proteinstruktur. I det første trinnet bruker den en maskinl
ringsalgoritme kalt "profilbasert" for å forutsi den sekund
re strukturen (dvs. de lokale arrangementene av aminosyrer) til proteinet. I det andre trinnet bruker den en annen maskinl
ringsalgoritme kalt "malbasert" for å forutsi den terti
re strukturen (dvs. den generelle 3D-formen) til proteinet basert på den forutsagte sekund
re strukturen.

ProAl kan brukes til å forutsi strukturene til både løselige og membranproteiner, og det har blitt brukt på et bredt spekter av proteinsystemer, inkludert enzymer, reseptorer og virale proteiner. Det er et nyttig verktøy for forskere som studerer proteinfunksjon og dynamikk, så vel som for oppdagelse og utvikling av legemidler.