ProAl: potężne oprogramowanie do przewidywania struktury białek

ProAl to oprogramowanie do przewidywania struktury białek, które wykorzystuje kombinację algorytmów uczenia maszynowego i narzędzi bioinformatyki strukturalnej do przewidywania trójwymiarowej struktury białek na podstawie ich sekwencji aminokwasów. Został opracowany przez Uniwersytet Kalifornijski w San Diego i jest szeroko stosowany w dziedzinie przewidywania struktury białek.

ProAl wykorzystuje dwuetapowe podejście do przewidywania struktury białek. Na pierwszym etapie wykorzystuje algorytm uczenia maszynowego zwany „opartym na profilach” do przewidywania struktury drugorzędowej (tj. lokalnego układu aminokwasów) białka. W drugim etapie wykorzystuje inny algorytm uczenia maszynowego zwany „opartym na szablonach” do przewidywania struktury trzeciorzędowej (tj. ogólnego kształtu 3D) białka w oparciu o przewidywaną strukturę drugorzędową.

ProAl można wykorzystać do przewidywania struktur białek zarówno białka rozpuszczalne, jak i błonowe, i zastosowano je w szerokiej gamie układów białkowych, w tym w enzymach, receptorach i białkach wirusowych. Jest to przydatne narzędzie dla badaczy badających funkcję i dynamikę białek, a także do odkrywania i opracowywania leków.