Låsa upp kraften med masspektrometri-tröskel (MS-Th) i proteomikforskning

MS-TH står för "Mass Spectrometry - Threshold".

I masspektrometri avser tröskelenergin (eller tröskeln) den minsta mängd energi som krävs för att jonisera en molekyl och producera joner som kan detekteras av masspektrometern. Tröskelenergin bestäms vanligtvis av instrumentets inställningar och kan variera beroende på typen av instrument och provet som analyseras.

I sammanhanget MS-Th är det en teknik som används för att förbättra känsligheten och noggrannheten hos masspektrometribaserad proteomik experiment. Grundidén bakom MS-Th är att använda en lägre tröskelenergi för att detektera mer rikliga peptider samtidigt som en högre tröskelenergi används för att detektera mindre rikliga peptider. Detta gör det möjligt att separera de mest förekommande peptiderna från de mindre förekommande, vilket kan förbättra den övergripande kvaliteten på data och göra det lättare att identifiera proteiner i komplexa blandningar.

MS-Th uppnås vanligtvis genom att använda en kombination av instrumentinställningar, såsom att justera jonkällans parametrar, massanalysatorparametrarna och detektorförstärkningen, för att optimera detekteringen av olika peptidpopulationer. De specifika inställningarna som används beror på experimentet och målen för analysen, men den allmänna idén är att använda en lägre tröskelenergi för de mest förekommande peptiderna och en högre tröskelenergi för de mindre rikliga.