ProAl: En kraftfull programvara för förutsägelse av proteinstruktur

ProAl är en programvara för förutsägelse av proteinstruktur som använder en kombination av maskininlärningsalgoritmer och strukturella bioinformatiska verktyg för att förutsäga den tredimensionella strukturen hos proteiner utifrån deras aminosyrasekvens. Det utvecklades av University of California, San Diego och används i stor utsträckning inom området för förutsägelse av proteinstruktur.

ProAl använder en tvåstegsmetod för att förutsäga proteinstruktur. I det första steget använder den en maskininlärningsalgoritm som kallas "profilbaserad" för att förutsäga proteinets sekundära struktur (d.v.s. de lokala arrangemangen av aminosyror). I det andra steget använder den en annan maskininlärningsalgoritm som kallas "mallbaserad" för att förutsäga den tertiära strukturen (d.v.s. den övergripande 3D-formen) av proteinet baserat på den förutsagda sekundära strukturen.

ProAl kan användas för att förutsäga strukturerna av både lösliga proteiner och membranproteiner, och det har applicerats på ett brett spektrum av proteinsystem, inklusive enzymer, receptorer och virala proteiner. Det är ett användbart verktyg för forskare som studerar proteinfunktion och dynamik, såväl som för upptäckt och utveckling av läkemedel.