ProAl: Güçlü Bir Protein Yapısı Tahmin Yazılımı

ProAl, proteinlerin üç boyutlu yapısını amino asit dizilerinden tahmin etmek için makine öğrenme algoritmaları ve yapısal biyoinformatik araçlarının bir kombinasyonunu kullanan bir protein yapısı tahmin yazılımıdır. San Diego'daki Kaliforniya Üniversitesi tarafından geliştirilmiştir ve protein yapısı tahmini alanında yaygın olarak kullanılmaktadır.

ProAl, protein yapısı tahmininde iki aşamalı bir yaklaşım kullanır. İlk aşamada, proteinin ikincil yapısını (yani amino asitlerin yerel düzenlemelerini) tahmin etmek için "profil tabanlı" adı verilen bir makine öğrenme algoritması kullanılır. İkinci aşamada, tahmin edilen ikincil yapıya dayanarak proteinin üçüncül yapısını (yani genel 3 boyutlu şekli) tahmin etmek için "şablon tabanlı" adı verilen farklı bir makine öğrenme algoritması kullanır.

ProAl, proteinin yapılarını tahmin etmek için kullanılabilir. hem çözünür hem de membran proteinleri olup enzimler, reseptörler ve viral proteinler dahil olmak üzere çok çeşitli protein sistemlerine uygulanmıştır. Protein fonksiyonu ve dinamikleri üzerinde çalışan araştırmacıların yanı sıra ilaç keşfi ve geliştirilmesi için de yararlı bir araçtır.