ProAl: Tehokas proteiinirakenteen ennustusohjelmisto

ProAl on proteiinirakenteen ennustamisohjelmisto, joka käyttää koneoppimisalgoritmien ja rakenteellisten bioinformatiikan työkalujen yhdistelmää ennustamaan proteiinien kolmiulotteisen rakenteen niiden aminohapposekvenssin perusteella. Sen on kehittänyt Kalifornian yliopisto San Diegossa, ja sitä käytetään laajalti proteiinirakenteen ennustamisessa.

ProAl käyttää kaksivaiheista lähestymistapaa proteiinirakenteen ennustamiseen. Ensimmäisessä vaiheessa se käyttää "profiilipohjaiseksi" kutsuttua koneoppimisalgoritmia ennustamaan proteiinin sekundaarirakennetta (eli aminohappojen paikallisia järjestelyjä). Toisessa vaiheessa se käyttää erilaista koneoppimisalgoritmia, jota kutsutaan "mallipohjaiseksi" ennustamaan proteiinin tertiaarista rakennetta (eli yleistä 3D-muotoa) ennustetun sekundaarirakenteen perusteella. ProAl:a voidaan käyttää ennustamaan proteiinin rakenteita. sekä liukoisia että membraaniproteiineja, ja sitä on sovellettu monenlaisiin proteiinijärjestelmiin, mukaan lukien entsyymit, reseptorit ja virusproteiinit. Se on hyödyllinen työkalu proteiinien toimintaa ja dynamiikkaa tutkiville tutkijoille sekä lääkekehitykseen ja -kehitykseen.