ProAl: ซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีนอันทรงพลัง

ProAl เป็นซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีนที่ใช้การผสมผสานระหว่างอัลกอริธึมการเรียนรู้ของเครื่องและเครื่องมือชีวสารสนเทศเชิงโครงสร้าง เพื่อทำนายโครงสร้างสามมิติของโปรตีนจากลำดับกรดอะมิโน ได้รับการพัฒนาโดยมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก และมีการใช้กันอย่างแพร่หลายในสาขาการทำนายโครงสร้างโปรตีน

ProAl ใช้วิธีการสองขั้นตอนในการทำนายโครงสร้างโปรตีน ในระยะแรก จะใช้อัลกอริธึมการเรียนรู้ของเครื่องที่เรียกว่า "ตามโปรไฟล์" เพื่อทำนายโครงสร้างรอง (เช่น การจัดเรียงกรดอะมิโนเฉพาะที่) ของโปรตีน ในขั้นตอนที่สอง จะใช้อัลกอริธึมแมชชีนเลิร์นนิงที่แตกต่างกันที่เรียกว่า "ตามเทมเพลต" เพื่อทำนายโครงสร้างตติยภูมิ (เช่น รูปร่าง 3 มิติโดยรวม) ของโปรตีนตามโครงสร้างรองที่คาดการณ์ไว้

ProAl สามารถใช้ทำนายโครงสร้างของ ทั้งโปรตีนที่ละลายน้ำได้และโปรตีนเมมเบรน และถูกนำไปใช้กับระบบโปรตีนหลายชนิด รวมถึงเอนไซม์ ตัวรับ และโปรตีนของไวรัส เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับนักวิจัยที่ศึกษาหน้าที่และพลวัตของโปรตีน ตลอดจนการค้นพบและพัฒนายา